Πλατφόρμα υποστήριξης ανάλυσης NGS δεδομένων

Η Βιοπληροφορική αποτελεί πλέον ένα αναπόσπαστο τμήμα των Επιστημών Ζωής, καθώς καλείται να αναλύσει έναν ολοένα αυξανόμενο όγκο δεδομένων. Παρόλο που υπάρχει πληθώρα διαδικασιών και εργαλείων ανάλυσης των πρωταρχικών δεδομένων αλληλούχισης NGS (όπως για παράδειγμα διαδικασίες mapping, counting και διαφορικής έκφρασης), η τελική ανάλυσή τους περιορίζεται στα πλαίσια της αρχικής ερευνητικής ερώτησης και επομένως δεν γίνεται η πλήρης αξιοποίησή τους.
Στόχος της διπλωματικής εργασίας είναι η ανάπτυξη μιας πλατφόρμας ημι-αυτοματοποιημένης ανάλυσης επεξεργασμένων NGS δεδομένων, με στόχο την περαιτέρω ανάλυσή τους μέσω στατιστικών μεθόδων και προσεγγίσεων εξόρυξης δεδομένων. Το σύστημα που θα αναπτυχθεί θα βασίζεται αρχικά σε δεδομένα RNA-Seq και θα υποστηρίζει διαφορετικές διαδικασίες μετα-ανάλυσης, όπως πχ με χρήση εξωτερικών βάσεων δεδομένων αναφοράς (GO), με εφαρμογή γράφων καθώς και με σύνθεση τεχνικών οπτικοποίησης.

Κωδικός:Fall18-mitkas-2

Προαπαιτούμενα

• Καλή γνώση προγραμματισμού σε R
• Δομές Δεδομένων
• Εμπειρία σε χρήση unix/shell θα είναι χρήσιμη
• Φαντασία και όρεξη για δουλειά

Εμπλεκόμενες Τεχνολογίες – Γνώσεις που θα αποκτηθούν

• State-of-the-art τεχνικές βιοπληροφορικής
• Μέθοδοι συνένωσης δεδομένων μεγάλης κλίμακας
• Αλγόριθμοι και τεχνικές ανάλυσης δεδομένων
• Τεχνικές εξαγωγής πληροφοριών από το διαδίκτυο

Εκτιμώμενος Χρόνος Περάτωσης

6 – 9 Μήνες

Συνεργαζόμενος Ερευνητής

Μαρία Κωτούζα (maria.kotouza [at] issel[dot]ee[dot]auth[dot]gr)
Φώτης Ψωμόπουλος (fpsom [at] issel[dot]ee[dot]auth[dot]gr)